創建年代は詳らかではないが、杉並区清水の地に日蓮宗の寺院として建立されたと伝わる。日蓮宗は鎌倉時代の日蓮聖人（1222〜1282）を宗祖とし、法華経を根本経典として「南無妙法蓮華経」の題目を信仰の中心に据える。「妙正」の寺号は法華経の妙なる正法（仏の正しい教え）を守り弘めることへの使命感を示す名称と解される。清水は杉並区の北部に位置し、妙正寺池・妙正寺川流域の地域で、「妙正」の名はこの土地の地名とも深い縁がある。妙正寺川は古くから地域の水源として重要であり、寺院と土地の歴史的つながりが推察される。現在も地域住民の信仰と菩提の場として機能している。