天文3年(1534)、後奈良天皇の御代に僧長尊が安楽坊と法泉坊を合寺して蓮乘院を創建した。元和元年(1615)から翌年にかけて僧円西が再建し、慶安2年(1649)には徳川幕府より寺領8石4斗の御朱印状を受領した。享保9年(1724)には高尾山薬王院(八王子市)の末寺に編入される。江戸時代後期には寺小屋が開かれ、明治初期には「養麟学舎」として地域の教育機関の役割を担った。明治11年(1878)に火災で全焼し、昭和59年(1984)に客殿・山門、平成6年(1994)に本堂が再建された。1981年の修復工事中に、大名が将軍拝謁を待つ際の席順を記した古文書が発見され、全国的にも希少な資料として注目を集…