新宿区戸山に位置する浄土宗の寺院。旧尾張藩下屋敷跡地に近い戸山の地に根付き、阿弥陀如来への念仏と先祖供養のご利益が伝わる。江戸の城外武家地に起源を持つとされる。

戸山は江戸時代に尾張徳川家の下屋敷（戸山荘）が置かれた地として知られており、大名庭園として名高い戸山荘の跡地に近い位置にある。清源寺はこの戸山の地に創建されたと伝わり、浄土宗の念仏信仰に基づく葬送・供養の場として機能してきたとされる。「清源」の寺号は、清浄な源（阿弥陀如来の誓願）から発する信仰というイメージに通じるとも解される。明治以降、戸山が陸軍施設・研究施設に転用された時代を経て周囲の環境は大きく変化したが、寺院は法灯を守り続け、現在も戸山の住宅地で地域住民の信仰の場となっている。