創建年代は詳らかではないが、碩運寺は曹洞宗に属する寺院として荒川区西尾久に古くから存在してきた。「碩運」という寺号は、「碩(大きい・充実した)」と「運(運勢・めぐりあわせ)」を組み合わせた名称であり、大きな福運がめぐり来ることを願う意味合いと解釈できる。曹洞宗は道元禅師(1200〜1253年)が宋から伝えた禅宗で、只管打坐(ひたすら坐禅に打ち込むこと)を根本的な修行とする。西尾久地区は江戸時代から近代にかけて農村地帯として知られ、明治以降の市街化にともなって本寺は地域の寺院として葬祭・法要を担い続けてきた。