世田谷は室町時代に吉良氏が居城「世田谷城」を構えた城下町であり、その鎮護として天祖神社が整備されたとも伝わる。天照大神を主祭神とする伊勢系の神社は、中世武家社会で庇護を受け格式を高めた。吉良氏滅亡後、江戸期には農村として再編された世田谷でも、天祖神社は旧城下の鎮守として氏子に守られてきた。明治維新後の社格整備でも独立神社として存続し、世田谷城址公園の近隣に位置することから、城下の歴史を伝える場として地域の教育的な役割も担う。現在は世田谷区世田谷の住宅地に鎮座し、安産・縁結び・厄除けを祈る参拝者が訪れる。