北区滝野川に位置する真言宗智山派の寺院。弘法大師空海の密教を伝え、「本智」の名が示すように仏の根本智慧を奉じる寺として、滝野川地域の住民の先祖供養と信仰を支えてきた。

創建年代は詳らかではないが、本智院は北区滝野川に位置する真言宗智山派の寺院とされる。「本智」の院号は仏の根本智慧（如来の智慧の根源）を意味し、真言密教において大日如来が体現する智慧の境地を指すと解釈できる。真言宗智山派は弘法大師空海の密教を伝え、護摩修法・加持祈祷・両部曼荼羅に基づく儀礼を重視する宗派である。滝野川は石神井川の清流と紙漉産業で知られた北区の地域であり、当院は地域の菩提寺として先祖供養・法要などを担ってきたとされる。明治以降も真言宗智山派の末寺として継承され、現在に至っている。