本部町は琉球王国時代から今帰仁城などの歴史的な拠点に近く、仏教文化の影響を受けてきた地域である。浄土真宗本願寺派が沖縄本島に広まったのは主に明治以降の本土移民・軍属の流入を経てからであり、本部地域にも同時期に念仏信仰が根付いた。浄善寺の創建年代は明確でないが、明治・大正期に設けられた布教所を前身とするとされる。1945年の沖縄戦では本部半島でも戦闘が行われ、伽藍は大きな被害を受けたと伝わる。戦後の米軍統治期（1945〜1972年）に地域住民による自助的な復興が進み、本土復帰後に現在の寺院として整備された。現在は地域の葬送儀礼や年忌法要を担う拠点として機能している。