吉祥寺の名は「吉祥」（めでたい兆し・幸福を招く）を意味し、全国に多くの同名寺院がある。本部町は沖縄本島北部に位置し、世界遺産の今帰仁城跡（今帰仁村）に近い歴史豊かな地域である。本部半島への仏教の浸透は琉球王国時代に始まり、薩摩統治期・明治期を経て本土宗派が整備された。本部町の吉祥寺については詳細な沿革は不明だが、明治以降に臨済宗妙心寺派の体制に組み込まれた寺院のひとつとみられる。1945年の沖縄戦では本部半島でも戦闘が発生し（本部半島の戦い）、地域の建物や施設に被害をもたらした。戦後に復興が進み、現在は本部町の住民の仏事を担う地域寺院として機能している。