延暦元年(782年)3月、僧・勝道上人が三度目の挑戦でついに男体山登頂を果たし、延暦3年(784年)には中禅寺湖畔に神宮寺(中禅寺)を開いたと伝わる。中宮祠はこの開創に起源を持つとされ、本社(日光山内)と奥宮(男体山頂)をつなぐ「中間の宮」として男体山登拝の起点を担い、修験道の霊場として武将・庶民の信仰を集めてきた。平成11年(1999年)に「日光の社寺」として世界文化遺産に登録。境内には正応5年(1292年)銘の銅灯籠「化け灯籠」と推定樹齢1,100年のイチイ(栃木県指定天然記念物)が現存する。