西教寺の源は、寛永18年(1641年)に了円が武蔵国北葛飾郡(現・埼玉県幸手市神明内)に創建した西教寺にある。明治37年(1904年)、伊藤大忍が権現堂川村に廃頽していた同寺の寺籍を横浜・小港の地へ移し、その寺号を継いで一寺を建立した。大正9年(1920年)に本堂が竣工したが、大正12年(1923年)の関東大震災で倒潰した。震災の教訓から、昭和5〜6年(1930〜1931年)にかけて鉄筋コンクリート造で本堂を再建しており、寺院建築としては早い時期の耐震構造の採用例として知られる。開港後に発展した本牧・小港の市街に、真宗大谷派の念仏信仰を伝えている。