干支以外にも、日本の四季と年中行事に連動した季節限定御朱印が各地で頒布されている。
梅（2〜3月）：梅の名所湯島天満宮では梅祭り（2月〜3月上旬）期間中に梅デザインの限定御朱印が登場する。菅原道真を祀ることから梅との縁が深く、受験シーズンの参拝者にも人気だ。亀戸天神も梅祭り期間に限定御朱印を頒布する。
桜（3〜4月）：多くの寺社が桜をあしらった春限定御朱印を頒布する。薄紅色の和紙や散る花びらのデザインが多く、開花ピーク後の平日が狙い目だ。
藤（4月下旬〜5月）：亀戸天神は藤の名所として全国的に有名で、藤まつり（例年4月下旬〜5月上旬）期間中に藤デザインの限定御朱印を頒布する。
紫陽花（6〜7月）：梅雨の名所では紫陽花の限定御朱印が登場する。雨天の参拝も「静かな特別体験」として演出され、限定御朱印がその記念となる。
紅葉（10〜11月）：秋は御朱印コレクターの最繁忙期。金・朱・橙・黄のグラデーションが美しい紅葉デザインは毎年人気が高い。
年末年始・冬至（11〜12月）：冬至（12月22日頃）や新嘗祭（11月23日）に合わせた限定御朱印が全国の神社で頒布される。