京都府乙訓郡大山崎町の円明寺地区に位置する東寺真言宗の寺院。山号は医王山。本尊は薬師如来坐像（脇侍：日光菩薩・月光菩薩）。奈良時代の山岳修行者・泰澄の開創に由来するとも、平安後期の寛済による創建とも伝わる。康平5年（1062年）の文書に「円明寺住僧」の記録があり、少なくともこの頃には寺として機能していたことが確認できる。寛喜2年（1230年）、歌人・藤原定家が西園寺公経とともに参拝し、その様子を日記『明月記』に記した。当時の公家社会において薬師霊場として知られ、九条道家も訪れて堂舎を建立するなど、貴族たちの信仰を集めた。室町時代の応仁の乱（1467〜1477年）以降に衰退し、長らく荒廃したが後に再興された。楼門（上層に鐘楼を設ける二重門）が特徴的な構造を持つ。

寺伝では奈良時代の泰澄（682〜767年頃）による開創とされるが、確実な史料上の初出は康平5年（1062年）の文書で「円明寺住僧」の記録が確認できる。寛喜2年（1230年）に藤原定家が西園寺公経とともに来訪し、『明月記』に参拝の様子を記録した。貞永元年（1232年）には九条道家が来訪して堂宇を建立した。応仁の乱（1467〜1477年）以降は衰退し荒廃の時期が続いたが、後に東寺真言宗の末寺として再興された。現在の伽藍は江戸時代以降に整備されたもので、11〜12世紀の仏像が本堂に安置されている。現在は東寺（教王護国寺）を本山として法灯を継いでいる。