創建年代は詳らかではないが、三宅島の阿古地区に鎮座する神社である。「火戸寄（ひこより）」という社名は火と関わる神格を祀ることを示唆しており、三宅島が活火山の島であることと深く関わるとされる。三宅島は雄山を中心とした活火山の島であり、歴史上たびたび噴火を繰り返してきた。島民は火山の脅威に向き合いながら生活を続け、火の神を祀ることで火山の鎮静と島民の安全を祈願してきた。阿古地区は過去の噴火（特に2000年の大噴火）で大きな被害を受けた地域であり、火戸寄神社は島民にとって火山と共存するための精神的支柱として特別な意義を持つ。現在も阿古地区の産土神として崇敬されている。