創建年代は詳らかではないが、三宅島の伊ケ谷地区に鎮座する神社である。「后（きさき）」という社名は皇后・王妃・貴人の妻を意味する言葉であり、女性の守護神・母性の神として信仰されてきたとされる。同じ伊ケ谷地区には城の山為朝神社が鎮座しており、男神（武神）である源為朝に対する女神（后神）という対をなす信仰構造が見られる。三宅島では伝統的に男性の武神信仰と女性の母神信仰が共存してきており、后神社はその中で安産・縁結び・子育ての守護神として女性たちの篤い信仰を受けてきた。現在も伊ケ谷地区の産土神として機能している。