創建年代は詳らかではないが、三宅島の阿古地区に鎮座する古社である。「差出（さしだし）」という社名は地名に由来するとされ、三宅島の阿古地区における固有の守護神として古くから信仰されてきた。阿古地区は三宅島の西部に位置し、2000年の大噴火で溶岩流が流れ込み甚大な被害を受けた地域である。差出神社もその被害を受けながらも、島民とともに島の復興を見届けてきた神社として特別な意義を持つ。火山と共存してきた三宅島の歴史の中で、差出神社は阿古地区の氏神として地域の安寧と復興への祈りを担い続けてきた。現在も神社本庁のもとで島民の信仰を守っている。