臨済宗は琉球王国時代を通じて王府と深く結びついた仏教宗派であった。沖縄の臨済宗は14〜15世紀に禅僧が中国や本土から渡来したことに始まり、首里城周辺を中心に寺院が建立されていった。慈眼院の正確な創建年代は不明だが、琉球王府の庇護のもと設立された寺院の流れを汲むとされる。1609年の薩摩藩による琉球侵攻後も臨済宗寺院は一定の存続を続けたが、1879年の琉球処分以降は本土の宗派組織への統合が進んだ。1945年の沖縄戦で那覇の臨済宗寺院の多くは焼失・損壊し、慈眼院も例外ではなかったとされる。戦後に復興し、現在は那覇市内の地域住民の法要・葬儀を執り行う禅宗寺院として継続している。