万福寺という寺号は広く福徳・繁栄を願う意味を持ち、全国各地に同名の寺院が見られる。那覇の万福寺は琉球王府の外港として栄えた那覇港周辺の商人・漁民に信仰されてきたとされる。創建の詳細は不明だが、臨済宗妙心寺派の寺院として那覇市内に位置していることから、明治以降に本土の宗派組織に帰属した沖縄の禅宗寺院群の一つとみられる。琉球王国時代には同地域に王府との縁を持つ禅宗寺院が点在していた。1945年の沖縄戦により那覇市街は壊滅し、寺院は再建を余儀なくされた。戦後の復興と本土復帰（1972年）を経て現在の寺院体制が整えられ、地域の葬送儀礼と法要を担う場として定着している。