真宗大谷派（東本願寺）は明治維新後の廃仏毀釈の波の中でも積極的な布教活動を展開し、海外・離島への宣教に力を注いだ宗派である。沖縄への真宗大谷派の本格的な進出は明治後期から大正期にかけてとされ、那覇を拠点に布教師が派遣された。真教寺の前身となる布教所は那覇市内に設けられ、本土出身の移住者や琉球・沖縄の住民に阿弥陀信仰を広めた。1945年の沖縄戦では那覇市街の大半が焦土となり、寺院も被害を受けた。米軍統治期（1945〜1972年）に復興が始まり、本土復帰後に現在の体制が整えられた。現在は真宗大谷派の教義に基づく法要・葬儀を執り行い、念仏信仰の普及に努めている。