寛永3年(1626年)、松戸の地に御嶽大権現として創建されたのが始まり。
日本武尊が東征の折にこの地に陣を張ったという伝承に基づく。
松戸は水戸街道の宿場町として発展し、当社もその鎮守として栄えた。
江戸時代には松戸宿の繁栄とともに参拝者が増加した。
水戸藩主・徳川光圀もこの地を通過する際に参拝したと伝わる。
明治の神仏分離により「松戸神社」と改称した。
明治以降は郷社に列格し、松戸地域の信仰の中心となった。
関東大震災では被害を受けたが、地域住民の尽力で再建された。
戦後の松戸市の発展とともに参拝者も増加し続けた。
現在は松戸市を代表する神社として、地域の精神的支柱であり続けている。