上京区盧山寺通千本東入二丁目西盧山寺町に位置する真言宗醍醐派の寺院。山号は吉祥山。文殊菩薩（マンジュシュリー）を本尊とし、知恵・学問の仏として信仰を集める。清水山洗心院法雲寺の近く、清浄華院・本禅寺が集まる寺町通の近傍に位置し、上京区の真言宗寺院として地域の祈願寺・菩提寺の役割を担ってきた。真言宗醍醐派の本山は醍醐寺（京都市伏見区）。

文殊院は真言宗醍醐派に属する寺院で、本山は京都市伏見区の醍醐寺（世界遺産）。醍醐派は空海が開いた真言宗の法系に連なり、醍醐寺を本山として全国の末寺を統括する。「文殊」の名は文殊師利（マンジュシュリー）菩薩に由来し、仏教における智慧と学問の菩薩として「三人寄れば文殊の知恵」という日本のことわざにも名を残している。上京区の盧山寺通千本東入は、北野天満宮（学問の神）からも近く、学問・知恵の信仰が重なる地域に位置する。文殊院はこの地で、地域住民の祈願・供養の場として長らく信仰を集めてきた。