妙蓮寺の開創は正和元年(1312年)にさかのぼる。開山は日蓮の法孫(孫弟子)にあたる日像上人(1269〜1342年)で、関東で日蓮の教えを受け継いだのち、公家社会の抵抗に遭いながらも上洛を繰り返して洛中での日蓮宗布教に生涯を注いだ。日像は京都における日蓮宗定着の礎を築き、「洛中布教の祖」として敬われる。
創建当初の境内は現在地と異なる位置に置かれ、応永年間(1394〜1428年)に現在の寺之内通へ移転した。この地域には本法寺・妙覚寺・本満寺など複数の日蓮宗寺院が集まり、「本山通(寺之内)」と呼ばれる日蓮宗の拠点が形成された。
応仁元年(1467年)に始まる応仁の乱では、妙蓮寺のある寺之内一…