江戸城北の丸の東側に位置する枡形門で、高麗門と渡櫓門からなる。明暦の大火後の万治元年（1658年）に再建され、江戸期の姿を良好に留める貴重な建造物として国の重要文化財に指定される。清水の名はかつてこの地に清らかな湧水の井戸があったことに由来する。江戸時代には門内に九代将軍家重の次男・徳川重好を祖とする徳川御三卿の一つ清水徳川家の屋敷地があった。清水徳川家からは十一代将軍家斉や最後の将軍徳川慶喜ら多くの将軍を輩出し、御三卿の中でも特に血脈が重要視された家系である。現在は北の丸公園の入口の一つで、科学技術館や国立近代美術館工芸館（旧近衛師団司令部庁舎）への通路となっている。坂道の両側に立つ大きな銀杏の木は「清水門の大銀杏」として知られ、秋の名所となっている。