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延暦13年（794年）、桓武天皇の平安遷都と同時に都の東南（巽）の方角を鎮護するために創建された神社。祭神は素戔嗚尊・藤原兼家ほか。三条口に位置し、かつて東三条殿（藤原兼家の邸宅）が近傍にあったとされる要衝の地に鎮座する。洛中に散在する大将軍神社の一社であり、方位・陰陽道の神「大将軍」を祀る古社。

平安京造営の際、桓武天皇は都の四方を守護するため複数の大将軍社を設けた。東山の大将軍神社はその東南守護社として延暦13年（794年）に鎮座。付近には摂関政治の全盛期を築いた藤原兼家（935–990年）の邸宅・東三条殿があったとされ、後世に兼家も配祀された。三条口は古来より京の東の玄関口であり、戦国・幕末期にも要衝として機能した。現在も地域の氏神として三条通沿いに静かに鎮座する。