江戸幕府が飛騨国を直轄地（天領）としたため設置された郡代・代官所で、元禄5年（1692年）から明治維新まで約180年間にわたり飛騨を統治した役所。全国で唯一現存する江戸時代の代官所建築として知られ、国の史跡に指定されている。広大な建物内には御役所・御白州・御蔵・役人居宅などが当時のまま保存・復元されており、江戸時代の行政の実態を体感できる。毎年1月・8月には「陣屋朝市」が開かれ、地元の農産物・工芸品が並ぶ高山随一の朝市として賑わいを見せる。飛騨高山の観光の核心となるスポットで、古い町並みとともに多くの訪問者が訪れる。