東福寺の開創は室町時代後期にさかのぼる。享禄年間(1528〜1531年)、浦郷(現在の横須賀市浦賀地区)にある臨済宗の古刹・自得寺の2世住職を隠居した震江東公座元禅師が、三浦半島南端部に近い箱崎半島へ移り住み、そこに一宇を営んだのが当寺の起こりと伝えられる。
開創当初から箱崎半島の先端部を拠点とした寺域は、山間の地という地理的条件もあって住職が不在となる時期が度々生じたとされ、寺勢は安定しなかった。その後、箱崎から現在の長浦町の地へと遷移したが、無住の状態はなおも続いた。
明治維新以降の近代化の波は長浦地区にも及び、周辺では海軍施設の整備が進んだ。寺院の再建が本格化したのは大正4年(191…