寺の起源は鎌倉時代にさかのぼる。鎌倉幕府3代将軍・源実朝に仕えた鈴木三郎常広の二男・常光は、承久元年(1219年)1月、鶴岡八幡宮で主君・実朝が甥の公暁に暗殺される悲劇を目の当たりにした。無常を感じた常光は高野山に入って出家し、主君の菩提を弔うために衣笠荘(現在の横須賀市衣笠地区)に寺を開いたと伝わる。これが常光寺の創始である。
2代和尚の代に、寺は衣笠から長浦(荒井)へ移されたとされる。その後、慶長年間(1596〜1615年)に現在地である長浦町の丘陵地に遷移した。創建当初の宗派は真言宗であったが、慶長6年(1601年)に没した11代住職・浄珍和尚の代に浄土真宗(西本願寺派)へと改宗された…