新宿御苑の東隣に鎮座する、「新宿」の地名の由来に深く関わる神社。祭神は藤原鎌足公で、相殿に武甕槌命・経津主神・天児屋根命・比売神・内藤家歴代祖霊を祀る。慶長7年（1602年）、徳川家康より現在の新宿御苑一帯の広大な土地を拝領した高遠藩・内藤清成が中屋敷を設け、寛永年間（1634-43年）に藤原氏の祖・鎌足を祀る大和国多武峰の談山神社から分霊を勧請して屋敷神としたのが起源。元禄11年（1698年）、内藤家の領地の一部が返上されて「内藤新宿」が誕生。甲州街道の新宿場として品川・板橋・千住とともに「江戸四宿」と称され、これが現在の「新宿」の地名となった。明治5年に新宿御苑が官有地となった際に現在地へ遷座。

藤原鎌足（614-669年）は中大兄皇子とともに乙巳の変（大化改新）を主導し、蘇我入鹿を討って律令国家の基盤を築いた人物で、藤原氏の始祖である。その鎌足を祀る大和国多武峰の談山神社から分霊を勧請したのがこの神社の起源。内藤清成は三河以来の徳川譜代の家臣で、家康の関東入国後に現在の新宿一帯を拝領。内藤家は高遠藩（信濃国、現長野県伊那市）3万3千石の藩主として明治まで続いた。広大な内藤家の中屋敷は明治に入り新宿御苑として整備され、現在も東京を代表する庭園として親しまれている。内藤町・内藤新宿の地名に、その歴史が刻まれている。