醍醐天皇の御代（898-930年）に、隣接する円照寺の鬼門鎮護として創建されたと伝わる古社。社名の由来には三つの伝承がある。一つは日本武尊の東征時に甲冑六具をこの地に納めたこと、二つは天暦年間（947年-）に平将門の鎧を埋めたこと、三つは藤原秀郷が将門を討った後に重病となり、将門の祟りを恐れて円照寺に参詣し将門の鎧を埋めて祠を建てたところ快癒したこと。祭神は日本武命・大己貴命・少彦名命・平将門命の四柱。江戸時代以前から柏木村の鎮守として崇敬され、「鎧大明神」と称された。境内には狛犬型庚申塔（新宿区有形民俗文化財）が残る。北新宿の住宅街に静かに佇む、将門伝説を今に伝える知られざるパワースポット。

平将門は承平・天慶の乱（935-940年）で関東に独立政権を打ち立てたが、天慶3年（940年）に藤原秀郷・平貞盛の連合軍に討たれた。『源平盛衰記』によれば、秀郷は将門の首を京に送った後に重病に倒れ、これを将門の祟りと恐れて武蔵国に下向。薬師如来を本尊とする円照寺に参詣し、将門の鎧を埋めて霊を弔う祠を建てたところ、たちまち快癒した。これが鎧大明神の起源とされる。将門の怨霊は東京最強の怨霊として大手町の首塚とともに現在も畏敬されており、鎧神社はその霊を「鎮め祀る」形で共存してきた。柏木村の地名は失われたが、鎧神社にその中世の記憶が刻まれている。