天文4年(1535年)、九州の戦国大名・大友宗麟(義鎮)が自らの菩提寺として大徳寺に建立した塔頭である。開山には大徳寺第90世住持・徹岫宗九を迎えた。宗麟はのちにキリスト教に入信し、洗礼名ドン・フランシスコを得たキリシタン大名として知られるが、禅宗寺院である瑞峯院をその菩提寺と定めていた点に、戦国期の複雑な宗教状況が見て取れる。方丈は室町時代の建築様式を今に伝える建物で、簡素な禅宗建築の美を体現する。近代以降、昭和の作庭家・重森三玲によって境内の庭園が整備され、独坐庭は蓬莱山式の枯山水として新たに造営された。また、宗麟のキリシタンとしての信仰を記念し、石を十字架状に配した閑眠庭も重森の設計によ…