上京区寺町通広小路上る北之辺町に位置する法華宗（陣門流）の寺院で、法華宗陣門流の本山・本禅寺の塔頭のひとつ。「玄妙」は「深く奥義を湛えた法の妙なる働き」を意味し、法華経の深遠な教義を院名に凝縮している。本禅寺は応永13年（1406年）に法華宗陣門流を開いた日什が四条堀川で創建した本山で、現在地（寺町通広小路上る）には豊臣秀吉の命により天正19年（1591年）頃に移転した。玄妙院は本禅寺境内の塔頭（玄妙院・心城院・詮量院）のひとつ。

本禅寺は法華宗陣門流の本山で、応永13年（1406年）に日什（にちじゅう、1314〜1418年）が創建した。日什はもともと本国寺の僧侶であったが、法門上の見解の相違から独立し、四条堀川に本禅寺を開いて陣門流を創宗した。豊臣秀吉の命による京都の寺院再編（天正19年前後）で現在の寺町通広小路上るへ移転。山号は光了山。 玄妙院は本禅寺の境内塔頭のひとつで、本禅寺の法要・葬祭を支えてきた。「玄妙」という院名は、法華経が説く「妙法」（法の深遠な妙なる働き）の「玄」（深く幽玄な）面を強調したもので、陣門流の法華信仰の核心を体現している。