法華経寺境内の塔頭で、「四院家」（浄光院・法宣院・安世院・本行院）の一つ。山号は玄妙山。四院家は法華経寺の中枢をなす塔頭群で、浄光院・法宣院・安世院・本行院が輪番で法華経寺の貫首を務める。その格式は日蓮宗の中でも京都・妙顕寺や身延山久遠寺に準ずる最高格で、中世から近世にかけて関東日蓮宗の運営の中核を担った。本行院の山号「玄妙山」は、日蓮が法華経の要文「玄に文底を観ずれば、妙法蓮華経の五字なり」（御義口伝）に由来する教義の深奥を示す名称で、法華経の真髄を体現する塔頭として尊崇されてきた。歴代住持は法華経寺の教学を牽引し、多くの貫首を輩出。京成中山駅より徒歩6分、JR西船橋駅より徒歩21分。