法雲寺が建つ清水町の地は、平安時代後期に摂政太政大臣を務めた藤原兼家(929〜990)が晩年を過ごした別邸「法興院」の跡地とされている。兼家は正暦元年(990)にこの地で没したと伝わり、NHK大河ドラマ『光る君へ』(2024年放映)でも縁の地として注目を集めた。
寺院の草創は永禄10年(1567年)とされ、浄土宗の僧・源蓮社清善上人が創立。元和元年(1615年)に清久上人が堂宇を整備した。その後、天明8年(1788年)の天明の大火で焼失し、長らく復興が叶わなかったが、明治34年(1901年)に現在の本堂が落慶した。文化年間(1804〜1818年)に再建された本堂の建物が現存する部分もある。境…