熊野神社の創建は弘仁2年(811年)に遡る。修験道の行者・日圓(にちえん)が紀伊国熊野から熊野大神を勧請し、国家護持を祈願したのが始まりで、京都三熊野(熊野神社・新熊野神社・熊野若王子神社)の中で最も古い。
寛治4年(1090年)、白河上皇が修験道の拠点として聖護院を当社北東に創建すると、熊野神社はその鎮守社に位置づけられた。白河上皇は在位中から熊野詣を繰り返し、後白河上皇もまた34回以上の熊野御幸を行うほどの篤い信仰を持っていた。院政期、熊野信仰の都における中心的な祈願所として機能した。
応仁の乱(1467〜1477年)では社殿が破壊されたが、延宝4年(1666年)に再建。現在の本殿は文…