三宅八幡神社の創建については、推古天皇の御代(593〜628年)にさかのぼる伝承がある。遣隋使として隋(中国)に派遣された小野妹子(生没年不詳)が、帰国の航海中に重い病に倒れた。このとき八幡大神(応神天皇の神霊)に祈願したところ平癒し、帰国後に感謝の意を込めてこの地(現・左京区上高野)に社を創建したのが三宅八幡神社の始まりとされる。
「三宅」の社号については、小野妹子の帰国後に神霊を奉じた氏族(三宅氏)に由来するとも、地名に由来するとも伝わる。平安時代以降、比叡山・大原・鞍馬方面への道路に面したこの地の鎮守社として機能し、周辺農村の守護神として崇敬を集めた。
江戸時代以降、「虫八幡(むしは…