左京区仁王門通新麩屋町西入大菊町に位置する日蓮宗の寺院。日蓮宗本山・頂妙寺（文明5年/1473年創建）の8塔頭のひとつ。「妙雲（みょううん）」は「妙なる雲」すなわち仏の功徳・教えが雲のように広大であることを表す詩的な院名で、「妙」は妙法蓮華経（法華経）の「妙」にも通じ、日蓮宗の根本教典への帰依を表現する。大菊町の頂妙寺境内は、京都御所東・仁王門通沿いの閑静な寺町に位置する。

妙雲院は日蓮宗本山・頂妙寺の8塔頭のひとつ。頂妙寺は文明5年（1473年）に日祝が開創した日蓮宗の本山で、天文法華の乱（1536年）・天正の兵火（1573年）・天明の大火（1788年）の三度の焼失を経て再建を繰り返してきた。本山は俵屋宗達筆・烏丸光広書の「紙本墨画牛図」（重要文化財）を所蔵する。妙雲院の「妙雲」は法華経への信仰と仏の功徳の広大さを雲のイメージで表現した院名で、日蓮宗の文学的な信仰表現の一形式。塔頭として信徒の法要・先祖供養の場を担ってきた。