左京区仁王門通新麸屋町西入大菊町に位置する日蓮宗の寺院。日蓮宗本山・頂妙寺（文明5年/1473年創建）の8塔頭のひとつ。「善性（ぜんしょう）」は生まれながらに備わる善なる性質（仏性・善根）を意味し、法華経への信仰と唱題（南無妙法蓮華経）によってその善性を顕わにする日蓮宗の修行観を院名に体現する。大菊町の頂妙寺境内は左京区仁王門通沿いの閑静な寺町の一角。

善性院は日蓮宗本山・頂妙寺の8塔頭のひとつ。頂妙寺は文明5年（1473年）に日祝が開創した日蓮宗の本山で、天文法華の乱（1536年）・天正の兵火（1573年）・天明の大火（1788年）の三度の焼失を経ながら再建を繰り返してきた。本山は俵屋宗達筆・烏丸光広書の「紙本墨画牛図」（重要文化財）を所蔵する。「善性」の院名は、一切の衆生に本来備わる仏性（善性）を法華経への信仰と唱題によって顕発させるという日蓮教学の核心を体現したもの。塔頭として信徒の法要・先祖供養の場を長く担ってきた。