北区等持院西町、等持院（足利将軍家菩提所）の南に位置する浄土系の寺院。「念佛寺」の名は、阿弥陀仏への念仏を根本とする浄土教の信仰に由来する。等持院・金臺寺と近接する等持院エリアの一角に鎮座する小規模な念仏道場で、地域住民の日常的な信仰の場として機能してきた。衣笠・等持院地区は金閣寺・龍安寺・仁和寺をはじめとする名刹が集積する洛北の宗教的環境の中にあり、念佛寺もその静かな一角を占める。

創建年代は不詳。等持院周辺の地域は室町時代に足利将軍家ゆかりの寺院が集まった地区であり、念佛寺もこの歴史的な寺町環境の中で創建・維持されてきたと考えられる。浄土系の念仏信仰は平安末期から庶民の間に広く普及し、洛中・洛北の各地に念仏道場が形成されていった。念佛寺はその流れを汲む地域の小寺として、等持院界隈の住民の信仰生活を支えてきた。