北区等持院西町に位置する臨済宗妙心寺派の塔頭寺院。等持院（足利将軍家の菩提所）・真如寺（相国寺三末寺）と近接した等持院エリアの一角に佇む。もとは真言宗系の寺院として創建され、後に妙心寺の傘下に入り現在の臨済宗妙心寺派に至る。妙心寺の広大な境内には46の塔頭が集まっており、金臺寺もその末寺のひとつとして禅修行の場を提供してきた。等持院の南西に位置する閑静な禅院で、地域に根ざした法灯を守り続けている。

創建の詳細は不明だが、真言宗系の寺院として平安時代から中世にかけて存在したと伝わる。天正年間（1573–1592年）の宗教政策のもと、豊臣政権期の再編を経て妙心寺系に組み込まれた。等持院西町の地域は、室町幕府ゆかりの等持院を中心とした禅寺が集積する洛北の禅宗エリアであり、金臺寺もその歴史的背景の中で禅修行の道場として機能してきた。