慶長7年（1602年）、徳川家康が兄・教如に烏丸七条の地を寄進して東本願寺を分立させた後、堀川六条の地を本拠とする本願寺は「西本願寺」として准如が12世法主を継承した。准如は父・顕如から後継に指名されながら兄・教如との確執の末に義絶問題を経て本願寺を継いだ人物で、天正19年（1591年）の大坂天満からの移座を経て、堀川の地に壮大な御影堂・阿弥陀堂の伽藍を整備した。現在まで続く浄土真宗本願寺派（お西）の体制は、准如の代にほぼ確立されたといってよい。

天正19年（1591年）、豊臣秀吉は本願寺11世・顕如に現在の堀川六条の地を寄進し、天満から最後の移座を果たさせた。石山合戦の敗北後、紀州鷺森・和泉貝塚・天満と流転を重ねてきた顕如にとって、京都の地で新たな本山を構えることは悲願であった。顕如は移座の翌年、天正20年（1592年）に50歳で入寂。この寄進地こそ、現在も続く西本願寺の礎となった。顕如の生涯最後の大事業であり、石山退去から11年を経てようやく本願寺教団は恒久の本拠を得たのである。

承元元年（1207年）、師・法然とともに念仏弾圧（承元の法難）に遭い越後に流罪となった親鸞は、赦免後も関東で20年以上布教を続けた。帰洛後の弘長2年（1262年）に90歳で入寂。曾孫の覚信尼が大谷の地に廟堂を建立し、これが本願寺の起源となった。親鸞の教えは「悪人正機」「他力本願」に集約され、在家の凡夫こそ阿弥陀仏の救済の対象であると説いた。現在、浄土真宗は日本最大の仏教宗派で、本願寺派（西本願寺）だけで約10,500の末寺を擁する。

本願寺11世・顕如は信長に大坂石山（現在の大阪城付近）の退去を迫られ、元亀元年（1570年）から天正8年（1580年）まで10年間にわたる「石山合戦」で激しく抵抗した。敗北後、顕如は信長の許しを得て京都に移座し、現在の西本願寺の地を得た。

天正14年（1586年）、秀吉が現在地を本願寺に寄進し、壮大な伽藍の造営が始まった。唐門・飛雲閣などは秀吉の命で移築・建立された桃山文化の精華で、秀吉が浄土真宗を保護したことで西本願寺は全国的な教線拡大の拠点となった。