正念寺は浄土宗に属し、法然上人(1133〜1212年)の開いた阿弥陀如来の念仏往生を根本とする宗派の末寺として中立売通界隈に寺基を構える。中立売通は平安京の東西街路の一つで、「中立売」という地名は「中の立売(市場)」を意味するとも言われ、平安時代から商人たちが集まる賑わいのある場所であったことを示唆する。
西洞院通は平安京以来の南北大路の一つで、その交差点から東側に入る正念寺の立地は、上京区の中心的な旧市街地の一角に根ざした寺院の姿を表している。詳細な創建年・開山者の記録は現在の公開資料では確認できないが、浄土宗末寺として近世以来地域住民の念仏道場・菩提寺として機能してきた歴史を持つ。