三時知恩寺の創建については諸説あるが、室町時代中期から後期(15世紀)にさかのぼると伝わる。「三時(さんじ)」とは浄土宗において一日に三度(晨朝・日中・日没)念仏を唱えることを意味し、この三時の念仏修行を本義とした道場として創建されたのが名の由来である。
かつては皇室と深いゆかりを持ち、後小松天皇(在位1382〜1412年)の時代前後には皇族由縁の女性が帰依して尼門跡としての性格を強めたと伝わる。江戸時代には徳川幕府から寺領を与えられ、浄土宗尼門跡寺院として格式を保った。
建物は幾度かの火災を経て再建されており、現在の書院・庭園は近世以降に整えられたもの。境内は京都御所の北西に位置し、宮廷…