大将軍神社は、延暦13年（794）の平安京遷都にあたり、桓武天皇が王城鎮護のため都の東西南北に大将軍（方位を司る星神とされる）を祀ったうちの一社で、当社はその東南方を守ったと伝わる。鎮座地は平安京七口の一つ三条口にあたり、東国へ通じる要所の守りとして重んじられた。平安中期にはこの一帯に藤原兼家の壮大な邸宅「東三条殿」が営まれ、応仁の乱で荒廃したのち、その名跡が境内に「東三条社」として留められている。主祭神は素戔嗚尊で、藤原兼家を配祀する。境内には樹齢を重ねた御神木のクスノキがそびえ、古くは「鵺の森」とも呼ばれた一帯にあって、平安京以来の歴史を今に伝える古社である。