寺伝によれば、荘厳寺は応永12年(1405)に義縁によって開山され、高辻の地に道場「佛光山荘厳寺」として創建された。応仁元年(1467)からの応仁の乱の戦火で焼失したが、文明年間(1469-1486)に再建。天正19年(1591)、豊臣秀吉による京都の都市改造(天正の地割)に伴い、多くの寺院とともに現在地の本塩竈町へ移転し、朱印地二石を領した。その後いったん荒廃したが、明暦年間(1655-1657)に18世住職・圭堂が中興。さらに度重なる火災で再び荒れたものの、明治3年(1870)から復興が進められ今日に至る。