境内への入場は無料です。ただし方丈庭園・大方丈・小方丈は有料拝観エリア（大人500円程度、変更の場合あり）になっています。三門楼上の特別公開は秋のみです。
浄土宗（法然）は念仏を回数・功徳として積むことを重視します。浄土真宗（親鸞）はさらに一歩進み、一念の信心（阿弥陀仏への完全な帰依）が成立した時点でもはや往生は決定するという「絶対他力」を説きます。また浄土真宗では僧侶の妻帯・肉食を公認するなど、戒律の面でも異なります。
専修念仏が広まるにつれ、旧来の宗派（南都北嶺）から「念仏以外の修行を否定する」との批判を受けました。承元元年（1207年）、後鳥羽上皇の怒りを買い、法然は土佐（現・高知県）に流罪となります（承元の法難）。その後赦されて京都に戻りましたが、建暦二年（1212年）に80歳で没しました。知恩院はその終焉の地に建てられています。
早朝の勤行（ごんぎょう）が行われる時間帯（6〜7時台）は観光客が少なく、静寂の中で堂内の空気を感じることができます。春の桜・秋の紅葉シーズンはライトアップも行われ、夜の参拝も可能です。