通常の御朱印は300〜500円が一般的。切り絵御朱印・見開き御朱印などの特殊御朱印は500〜2,000円程度。四国遍路の納経印は1箇所300円が標準だ。
書き置き御朱印と直書き御朱印はどちらが正式ですか？
本来は参拝者の御朱印帳に直接書いていただく「直書き（じかがき）」が正式とされる。「書き置き御朱印（かきおきごしゅいん）」は事前に半紙などに書いたものを授与するもので、混雑時や特定の日のみ対応などに使われる。どちらも正式な御朱印として扱われる。
基本的には表紙（一番前）のページから使い始める。蛇腹タイプは折り畳まれた紙の一方の面を表として使い、反対面に来た場合は違う寺社での御朱印に使う（墨が裏写りする場合があるため）のが一般的だ。
神社の御朱印には「奉拝（ほうはい）」または「参拝（さんぱい）」の文字と神社名・祭神名が書かれ、神社名入りの朱印が押される。寺院の御朱印には本尊名（「南無〇〇」）と寺院名が書かれ、梵字を含む場合もある。
通常、御朱印には参拝した日付（年月日）も書いていただける。参拝の証として日付が入ることで、後から参拝の記録として振り返ることができる。