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下京区猪熊通五条上る柿本町に位置する日蓮宗の寺院。大本山本圀寺の塔頭寺院であり、永正元年（1504年）に日受上人によって開山された。本圀寺は日蓮の直弟子・日朗を開山とし、足利将軍家の庇護を受けて「西の祖山」と称えられた日蓮宗の名刹である。永禄11年（1568年）には足利義昭が本圀寺を仮御所（六条御所）として使用し、翌年の本圀寺の変（1569年）では三好三人衆らの急襲を受けた。昭和44年（1969年）に本坊が山科区に移転した後も、智了院は16ある塔頭のひとつとして旧地に留まり続けている。