中京区寺町通御池下る下本能寺前町に位置する法華宗（本門流）の寺院で、法華宗大本山・本能寺の塔頭のひとつ。「源妙」は「本源の妙」、すなわち法華経が説く真理の根本の妙なる働きを意味する院名と解釈される。本能寺は天正10年（1582年）の「本能寺の変」で織田信長が自刃した大本山で、天正19年（1591年）豊臣秀吉の命により現在の寺町通御池へ移転。源妙院は境内の7塔頭のひとつとして法要・葬祭を担い、寺町通を行き交う参拝者を迎えてきた。

本能寺は長い歴史の中で幾度も焼失と再建を繰り返してきたが、中でも天正10年（1582年）6月の「本能寺の変」は日本史上の一大転換点となった事件として知られる。信長が死去した後、豊臣秀吉が天下統一を果たし、天正19年（1591年）に本能寺を旧来の四条大宮付近から現在の寺町通御池へ移転させた。この移転は秀吉による京都の都市再編（寺町の整備）の一環で、多くの寺院が寺町通に集められた。 源妙院は本能寺の7塔頭のひとつで、本能寺の法要・葬祭を支える子院として現在も活動している。源妙という院名は法華経の核心である「妙法」の根源的な働きを称え、法華宗の信仰の深さを院名に凝縮している。