中京区寺町通御池下る下本能寺前町に位置する法華宗（本門流）の寺院で、法華宗大本山・本能寺の塔頭のひとつ。「本行」は法華経にもとづく「本来の行（修行・実践）」を意味し、信仰の実践を院名に掲げる。本能寺は天正10年（1582年）の「本能寺の変」で織田信長が自刃した歴史的な大本山で、天正19年（1591年）に豊臣秀吉の命により現在の寺町通御池へ移転した。本行院は境内の7塔頭のひとつとして法要・葬祭を担ってきた。

本行院は本能寺の境内に並ぶ7塔頭のひとつで、法華宗本門流の信仰と修行の場として機能してきた。「本行」という院名は、法華経に説く「本来の行」すなわち法華経の実践・読誦・流布を根本とする修行観を表している。法華宗本門流では法華経の読誦・唱題（南無妙法蓮華経の唱え）が信仰実践の核心であり、本行院の名はその本質を体現する。 本能寺の歴史については、文明13年（1481年）の開創から天正10年（1582年）の本能寺の変、天正19年（1591年）の豊臣秀吉による現在地への移転まで、波乱に富んだ歩みをもつ。7塔頭はいずれも移転後に本能寺とともに境内に再配置され、昭和3年（1928年）前後に堂宇が整備された…