護浄院の起源は平安時代にさかのぼるとされるが、詳細な創建年代は定かでない。「三宝大荒神(さんぽうだいこうじん)」は仏・法・僧の三宝を守護するとされる神格で、不浄を払い竈(かまど)を守る神としても信仰される。荒神信仰は平安時代以来、修験道・真言宗・天台宗が融合した形で日本各地に広まり、この地にも古くから荒神を祀る霊場があったと伝わる。
江戸時代、東山天皇(在位1687〜1709年)が護浄院を勅願所(天皇の祈願を行う寺院)に定め、「護浄院」の院号を授けた。これにより寺の格式が高まり、皇室ゆかりの聖地としての地位を確立した。以後、天台宗の寺院として法灯を守りながら、「清荒神さん」の名で洛中の庶民・…