日蓮宗の大本山。正嘉元年（1253年）に日蓮が鎌倉に開いた法華堂に始まり、後に京都六条に移って六条本圀寺として日蓮宗の中枢を担った。永禄11年（1568年）の「本圀寺の変」では三好三人衆が足利義昭をここで襲撃した歴史の舞台でもある。昭和44年（1969年）に現在の山科の地に移転。黄金色に輝く二基の大鳥居が印象的で、日蓮宗の法灯を今に守り続ける。境内には日蓮宗本山にふさわしい荘厳な本堂・祖師堂が並び、日蓮宗信者の聖地として全国各地から参拝者が訪れる。

1253年、日蓮が鎌倉に開いた法華堂が起源。後に京都に移り、六条本圀寺として日蓮宗の中心寺院となった。1568年の本圀寺の変では、三好三人衆が足利義昭を襲撃した。1969年に山科に移転。